木材を腐らせる腐朽菌の繁殖を抑える力があり、古来より建築材として使われてきた。芳香や成分に薬効があるとして生薬としても使われてきた。

芳香には脳の活動と自立神経活動を鎮静化し、リラックスさせる効果があり、血圧低下や脈拍の乱れの減少、快眠などをもたらす。含有成分ヒノキチオールは抗菌効果や炎症を鎮める働きをする。